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Author: Parodi, Alice
Title: Analisi di forma dei profili ChIP-Seq
Date: Thursday 3rd October 2013
Advisor: Secchi, P.
Advisor II: Cremona, M.
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Abstract: Questa Tesi si inserisce nel contesto dell'indagine epigenetica e riguarda la caratterizzazione di forma dei dati derivanti dall'analisi mediante ChIP-Sequencing dell'interazione proteina-DNA. In particolare in questo lavoro si descrive nel dettaglio la tecnica di raccolta ed elaborazione dei dati per procedere poi ad un'analisi statistica del segnale ottenuto. In primo luogo si prevede un'indagine sul modello statistico alla base dei dati, con la valutazione delle ipotesi proposte in letteratura e la formulazione di un buon modello di generazione. Entrando nel dettaglio dell'analisi statistica, poi, si indaga sulla possibilità di distinguere i diversi tipi di interazione proteina-DNA mediante tecniche di classificazione non supervisionata, basate sulla valutazione di forma dei dati. L'algoritmo alla base di questa clusterizzazione è l'algoritmo del k-mean valutato in primo esame su indici di forma opportunamente scelti per rappresentare i dati e in un secondo tempo sui dati funzionali nel loro complesso. A tale scopo è necessario introdurre il k-mean alignment, ovvero l'adattamento dell'algoritmo ai dati di tipo funzionale che ammette anche la registrazione dei dati in esame. La tesi si conclude con alcune considerazioni legate all'interpretazione biologica dei risultati proposti e con la presentazione di alcuni interessanti spunti di riflessione e obiettivi per l'ulteriore sviluppo del progetto.